Les penseurs hostiles à l’infaillibilité de la papauté furent bientôt secondés par de nouveaux alliés: le XVIe siècle engendra les protestants. Léon X (bulle Exsurge Domine, 15 juin 1520) condamna certaines propositions de Martin Luther, et notamment: 7e: « Il est certain qu’il n’est aucunement au pouvoir de l’Église ou du pape d’établir des articles de foi, et moins encore des lois concernant les mœurs ou les bonnes œuvres ». 28e: « Si le pape pensait de telle ou telle manière avec une grande partie de l’Église, il ne se tromperait pas; cependant, ce n’est ni un péché ni une hérésie de penser le contraire, surtout dans une question qui n’est pas nécessaire au salut, jusqu’à ce que le concile universel ait condamné une opinion et approuvé l’autre ».
Des historiens protestants attaquèrent l’infaillibilité pontificale, en prétendant que tel ou tel pape aurait fait naufrage dans la foi. Malheureusement, quelques théologiens catholiques, au lieu de faire des recherches scientifiques (qui leur auraient prouvé l’ineptie des fables protestantes), crurent plus habile d’esquiver le coup, en inventant de toutes pièces une distinction aberrante entre le « docteur privé » (faillible) et le « docteur public » (infaillible). Selon eux, Honorius 1er aurait « seulement » dévié en tant que « docteur privé ». Cette façon maladroite de défendre l’infaillibilité eut un effet néfaste: elle accrédita, dans les milieux catholiques, l’opinion qu’un pape pouvait errer dans la foi. Heureusement, il y eut saint Robert Bellarmin et le concile du Vatican pour pulvériser cette opinion hérétique!